Patagonie - Évaluer les risques de grippe aviaire chez les oiseaux marins et les mammifères sauvages de la côte patagonienne

Localisation :   Patagonie – région séparée entre l’Argentine et le Chili 

Porteur du Projet : Dr. Marcela Uhart (opens in a new tab)et Dr. Ralph E.T. Vanstreels (opens in a new tab)

Statut : Démarrage  

Durée :  2 ans - Février 2026 à Février 2028 

Partenaire :

Une épizootie émergente en Amérique du Sud  
 

L’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), notamment due aux virus H5Nx (H5N1 clade 2.3.4.4b), continue de circuler activement à l’échelle mondiale. 

En octobre 2022, le virus de l’IAHP H5N1 a fait son apparition en Amérique du Sud pour la première fois. Les premières vagues épizootiques, concentrées sur la côte Pacifique du Pérou et du nord du Chili, ont provoqué des mortalités massives chez les pélicans (genre Pelecanus), fous (genre Sula), cormorans (famille Phalacrocoracidae), mouettes (genre Larus) et sternes (sous-famille des Sternidae). Début 2023, un nouveau variant a émergé dans le nord du Chili, capable de se transmettre directement entre mammifères marins - lions de mer et otaries à fourrure (famille des Otariidés), éléphants de mer (genre Mirounga), dauphins (famille des Delphinidés) et loutres de mer (sous-famille des Lutrinés) - une capacité jusqu'alors rarement documentée chez des animaux sauvages en liberté. Ce variant a ensuite progressé vers le sud du continent puis remonté la côte Atlantique, traversant l'Argentine, l'Uruguay et le Brésil au cours du second semestre 2023. 

L'arrivée du virus en Patagonie argentine a entraîné des mortalités d'une ampleur inédite dans une région reconnue mondialement pour la densité et la diversité exceptionnelles de sa faune marine.  

• ~95 % des éléphanteaux de mer nés en 2023 en Patagonie argentine sont morts des suites du virus. 
   
• La population adulte d’éléphants de mer pourrait avoir diminué de 50 à 60 %, avec un temps de récupération estimé entre 70 et 80 ans. 
   
• Les colonies d'otaries à fourrure et de lions de mer ont connu des déclins respectifs de 15 % et 44 % en Patagonie argentine. (opens in a new tab)
   
• Certaines colonies de sternes ont subi des mortalités estimées entre 50 et 60 %. 
   
• Au total, plus de 520 000 oiseaux sauvages et 60 000 mammifères sauvages auraient été retrouvés morts en lien avec ces épizooties en Amérique du Sud. (opens in a new tab)Ce chiffre est probablement sous-estimé, car seule une fraction des animaux morts est effectivement découverte.

Malgré l'ampleur des événements survenus, de nombreuses questions fondamentales restent sans réponse. Certaines espèces pourtant vulnérables ailleurs (manchots, cormorans, goélands, skuas) ont été largement épargnées en Patagonie argentine, sans explication claire à ce jour. Le rôle éventuel de certaines espèces, comme les pétrels géants, en tant que porteurs asymptomatiques (sans signes cliniques visibles) du virus dans cet écosystème est également inconnu. Par ailleurs, si le nombre de cas a nettement diminué en 2024, le virus a réémergé en Argentine en février 2025 et au Brésil en mai 2025, impliquant cette fois de nouveaux variants réassortants : un rappel que la dynamique virale reste imprévisible.
 

Evolution virologique et enjeux épidémiologiques
 

Sur le plan virologique, les souches circulantes chez les mammifères ont acquis des mutations d'adaptation tout en conservant leur capacité à infecter les oiseaux sauvages, révélant une plasticité génomique remarquable.  

Par ailleurs, la possibilité d'une transmission transplacentaire ou via le lait maternel chez les pinnipèdes constitue également un mécanisme épidémiologique préoccupant, encore peu documenté. 

Comment expliquer la dynamique imprévisible de l’IAHP en Patagonie, notamment la sensibilité différente des espèces, le rôle potentiel d'espèces réservoirs asymptomatiques et l’émergence récurrente de nouveaux variants réassortants ? 

Ce que le projet cherche à démontrer 
 

• Poursuivre et élargir l'étude de l'écologie de l'IAHP au sein des communautés fauniques de Patagonie,  
• Comprendre comment le virus évolue dans cet environnement inédit,  
• Comprendre quelles espèces jouent un rôle de réservoir ou de vecteur,  
• Étudier dans quelles conditions de nouvelles émergences sont susceptibles de se produire. 

La réussite du projet sera mesurée en fonction du nombre d'échantillons collectés et traités, l'indicateur ultime de réussite étant la publication des résultats sous la forme d'un article évalué par des pairs  

Les résultats du projet ne sont pas encore publiés mais le seront prochainement. 

Notre rôle dans ce projet  

• Soutien financier, 
• Apport d’expertise : suivi et apport d’expertise scientifique.

Ashley E, Vanstreels RET, Barbieri M, Puryear W, Gulland F, Field C, Johnson CK, Uhart M. (2026). High pathogenicity avian influenza in pinniped conservation. Phil. Trans. R. Soc. B 381: 20240320. 

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Uhart, M. M., & Vanstreels, R. E. T. (2025). Overview of high pathogenicity avian influenza H5N1 clade 2.3.4.4b in wildlife from Central and South America, October 2022–September 2025. Canadian Journal of Microbiology, 71, 1–8. 

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