France - Importance des infections à Emydomyces testavorans chez les tortues d’eau

Localisation :  France 🇫🇷

Porteur du Projet : Dr Antoine Leclerc (ZooParc de Beauval) (opens in a new tab)

Statut :  Démarrage

Durée : 1 an et demi - Septembre 2026 à Décembre 2027

Partenaire : 

Les tortues d’eau sont exposées à diverses pathologies infectieuses, notamment à des mycoses émergentes qui représentent un enjeu sanitaire croissant. Emydomyces testavorans, champignon appartenant à l’ordre des Onygenales, est aujourd’hui reconnu comme un pathogène majeur des tortues aquatiques, principalement responsable de lésions de la carapace parfois sévères, chroniques, et potentiellement fatales.

Aux États-Unis, de nombreux cas d’infections à E. testavorans ont été décrits et documentés, tant en milieu naturel qu’en captivité. La recherche de ce pathogène est devenue une composante majeure de la surveillance dans le cadre des programmes de conservation et de réintroduction.

Les données concernant Emydomyces testavorans sont très limitées en Europe, et nulles en France, en l’absence de tests diagnostiques disponibles dans les laboratoires. 

La PCR (détection de l’ADN du champignon) est aujourd'hui la méthode de référence pour identifier E. testavorans, mais elle n’est pas proposée par les laboratoires en France. La culture, qui consiste à faire pousser le champignon sur un milieu de laboratoire, est beaucoup moins fiable : le champignon pousse très lentement et il est vite recouvert par d’autres bactéries ou champignons à croissance plus rapide. Il lui faut un milieu spécial, enrichi en kératine de carapace, que l’équipe du projet est en train de mettre au point. Résultat, la culture passe à côté de nombreux cas : dans certains, elle ne révèle qu’un autre champignon alors que la PCR détecte bien Emydomyces.

À la manière d’Ophidiomyces ophiodiicola (une autre Onygenale d’importance majeure chez les serpents), que l’on croyait dans un premier temps limité au territoire nord-américain, il est probable qu’Emydomyces soit également présent en Europe, mais non détecté simplement parce qu’il n’est pas recherché. Plusieurs raisons l’expliquent :

• L’espèce n’a été décrite qu’en 2019. Auparavant, les Onygenales des reptiles étaient regroupées sous un même nom («CANV») et leur ADN, trop éloigné des espèces connues, ne permettait pas de les identifier.
• Au microscope, le champignon ressemble à des champignons communs de l’environnement, et sa présence a probablement été ignorée.
• Les signes cliniques ne permettent pas de le suspecter : ulcères, creux, taches, desquamation et ramollissement de la carapace existent aussi chez des tortues non infectées (infection bactérienne de type SCUD, traumatisme, maladie osseuse nutritionnelle ou rénale, autres champignons, mycobactéries). La lésion la plus évocatrice, des kystes d’inclusion épithéliaux dans l’os de la carapace, n’est visible qu’en histologie, et il existe des porteurs sains asymptomatiques.

Dans le cas d’Ophidiomyces, la démocratisation des tests et les projets de recherche initiés en Europe ont permis, plusieurs années après les États-Unis, de caractériser son importance et ses conséquences sur les populations captives et non captives de serpents.

Évaluer la présence et déterminer la prévalence d’Emydomyces testavorans chez des tortues aquatiques, sauvages et captives, en France métropolitaine.

Ce que le projet cherche à démontrer 
 

• Amélioration des connaissances sur la prévalence de E. testavorans en France, dans les zoos et en milieu naturel.
• Optimisation de la prise en charge clinique des tortues atteintes.
• Renforcement des mesures de biosécurité dans les zoos.
• Adaptation des protocoles sanitaires dans le cadre des programmes de réintroduction.

Ce projet vise à mener une étude multicentrique afin d’évaluer la présence de E. testavorans chez des tortues d’eau, qu’elles présentent ou non des lésions de la carapace, en combinant approches cliniques, microbiologiques et moléculaires. 
Trois types d’établissements participeront :

• Des zoos français, hébergeant des tortues d’eau de différentes espèces, souvent exotiques.
• Un élevage conservatoire, celui de cistudes d’Europe (Emys orbicularis), destinées à être réintroduites.
• Des centres de soins pour la faune sauvage locale.

Les analyses porteront sur 50 tortues issues de parcs zoologiques et 50 tortues sauvages ou issues du programme de conservation des cistudes.

Espèces concernées

Parmi les espèces sauvages attendues en France figurent deux espèces protégées : la cistude d’Europe (« quasi menacée », avec un Plan national d’actions 2020-2029) et l’émyde lépreuse (Mauremys leprosa, « vulnérable », moins de 1 000 individus connus, dont plus de 90 % dans les Pyrénées-Orientales). La tortue de Floride (Trachemys scripta), espèce exotique envahissante réglementée par l’Union européenne, pourra aussi être recueillie dans les centres de soins.

Sélection des zoos

Les zoos participent sur la base du volontariat. Ils sont retenus selon la pertinence de leur collection et leur intérêt à participer à la recherche.

Les étapes clés

Les résultats du projet ne sont pas encore publiés mais le seront dès que possible. 

Notre rôle dans ce projet  
 

• Soutien financier,
• Suivi opérationnel.