photo d'un gélada
photo d'un gélada

Éthiopie – Étudier le microbiote des géladas pour préserver la santé de tous (PhD)

Entre l’Éthiopie et le sud de la France, cette thèse universitaire étudie les agents pathogènes présents au sein du microbiome des géladas afin de mieux comprendre les risques sanitaires à l’interface entre faune sauvage, animaux domestiques et humains. Les résultats permettront d’identifier d’éventuels risques zoonotiques et de mieux anticiper les émergences de maladies. Le microbiote est également envisagé comme un miroir de la circulation des agents infectieux à l’interface des différents compartiments. L’objectif est de contribuer à une approche One Health pour protéger à la fois la faune sauvage, avec des espèces endémiques et menacées, et la santé humaine.

Présentation du Projet

Localisation : Éthiopie 🇪🇹

Porteur du Projet : Dr. Zerehun Asefa 

Statut : En cours

Durée : 3 ans - 2024 à 2027

Partenaires : 

Logo IHU Méditérannée Infection
IHU Méditerranée Infection
RITMES (Risques infectieux tropicaux et microorganismes émergents) UMR D257 Aix-Marseille Université, Service de santé des Armées, Hôpitaux universitaires de Marseille
addis abbeba
Addis Abbeba University
College of Veterinary Medicine & Agriculture

Contexte


Les géladas (Theropithecus gelada) sont des Primates endémiques des hauts plateaux d’Éthiopie, vivant entre 1 800 et plus de 4 000 mètres d’altitude. Leur population est estimée entre 50 000 et 60 000 individus. Ils se nourrissent principalement de graminées, d’herbes et de jeunes pousses.

L’espèce est subdivisée en trois populations géographiquement distinctes en Éthiopie :

  • T. gelada gelada (nord)
  • T. gelada obscurus (centre)
  • T. gelada ssp. nov. (sud, sous-espèce non décrite)

Classée « vulnérable » par la liste rouge de l’UICN, la population du nord (T. g. gelada) est particulièrement exposée à la réduction de son habitat, liée à la pression démographique croissante (l’Éthiopie pourrait atteindre 200 millions d’habitants d’ici 2050) et au changement climatique.

Malgré leur importance écologique, les géladas ont été très peu étudiés sur le plan des agents pathogènes transmissibles, à l’exception de quelques travaux ciblés (notamment sur Taenia serialis). Cette absence de données limite fortement la compréhension des risques sanitaires à leur interface avec les autres espèces.

Enjeux

  • Comprendre la circulation des agents infectieux dans des écosystèmes où cohabitent faune sauvage, animaux domestiques et humains,
  • Anticiper les risques émergents de maladies zoonotiques dans des zones à forte pression anthropique,
  • Apporter des connaissances scientifiques sur des espèces peu étudiées mais écologiquement clés,
  • Renforcer les stratégies de conservation dans un contexte de changement environnemental rapide,
  • Contribuer à une approche intégrée One Health appliquée aux terrains tropicaux africains.

Problématique scientifique

 

Comment caractériser les agents pathogènes présents dans le microbiome des géladas afin d’évaluer les risques zoonotiques à l’interface entre faune sauvage, animaux domestiques et populations humaines en Éthiopie ?

 

Solution proposée

Des technologies d'analyse de pointe

 

Le processus consiste à collecter des échantillons de fèces de géladas en Ethiopie, qui sont ensuite analysés à Marseille à l’IHU Méditerranée Infection grâce à des technologies de pointe :

  • Métagénomique globale : approche exploratoire à grande échelle permettant de décrire la composition du microbiote et d’en obtenir une “empreinte” globale,
  • Métagénomique virale ciblée : enrichissement spécifique en ADN/ARN viral afin d’identifier l’ensemble des souches présentes, y compris de nouveaux variants,
  • Sérologie fécale : méthode innovante permettant de détecter des anticorps et de retracer les expositions passées aux agents pathogènes.

 

Zerehun Asefa

Légende : Dr. Zerehun Asefa - Prélèvements sur le terrain en Éthiopie 

Objectifs du Projet

Ce que le Projet cherche à démontrer

 

  • Évaluer les risques zoonotiques (des géladas vers l’humain et inversement) à partir de la caractérisation des agents pathogènes (viraux, bactériens, fongiques, parasitaires) trouvés dans des échantillons de fèces de géladas d’Ethiopie (différentes populations).
  • Caractériser la diversité des micro-organismes présents dans le microbiote des géladas (virus, bactéries, champignons, parasites, archées),
  • Étudier les dynamiques de circulation des agents infectieux entre espèces,
  • Identifier les risques de transmission zoonotique à l’interface homme–animal–environnement,
  • Produire des données scientifiques exploitables pour la surveillance épidémiologique,
  • Fournir des recommandations pour la prévention des maladies et la conservation des populations.

 

Mise en oeuvre du Projet

Les étapes clés 

06/2024

Signature du partenariat

12/2024

Missions de terrain (3 mois chacune) - Collecte d’échantillons

2025

Analyses et identifications des prélèvements de 2024

12/2025

Missions de terrain (3 mois chacune) - Collecte d’échantillons

2026

Analyses et identifications des prélèvements de 2025

Résultats

 

Les analyses de laboratoire ciblent jusqu’à 50 micro-organismes potentiellement pathogènes (virus, bactéries, archées, champignons et parasites).

Des résultats plus approfondis seront disponibles prochainement.

 

Implication de Ceva WRF

Notre role dans ce Projet

 

  • Soutien financier,
  • Suivi opérationnel : accompagnement et facilitation sur le terrain.

 

One Health est un concept reconnu par l'OMS*, la FAO** et l'OIE***, qui postule que les santés des humains, des animaux et des écosystèmes sont étroitement liées et interdépendantes, nécessitant une approche intégrée.

*OMS : Organisation Mondiale de la Santé
**FAO : Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture
***OIE : Organisation mondiale de la Santé Animale


 

Ensemble des microorganismes vivants en communauté complexe, constituée principalement de bactéries mais aussi d’archées, de champignons et de virus. Par exemple le microbiote intestinal. (Source : INRAE)

Le microbiome désigne le microbiote et les fonctions qu'il assure dans un écosystème donné. 

Se dit d’espèces présentes naturellement uniquement dans une zone géographique donnée et nulle part ailleurs dans le monde. (Source : Union internationale pour la conservation de la nature)

Les zoonoses sont des maladies ou infections qui se transmettent naturellement entre les animaux et les êtres humains. (Source : Organisation Mondiale de la Santé) 

Les archées sont un domaine du vivant constitué de micro-organismes unicellulaires procaryotes, distinct des bactéries et des eucaryotes. (Source : Littérature en microbiologie)

Version légèrement différente d’un virus ou organisme, résultant de mutations dans son génome.

La métagénomique est une approche d’étude génétique qui consiste à analyser directement l’ensemble des génomes présents dans un échantillon environnemental, sans avoir besoin de cultiver les micro-organismes. (Source : Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement)

La surveillance épidémiologique est un processus qui vise à recueillir, enregistrer, traiter, diffuser et analyser des données relatives aux événements sanitaires pour prévenir, détecter et contrôler les maladies dans une population.

ADN : Acide DésoxyriboNucléique. Macromolécule formée de deux brins enroulés en double hélice support de l'information génétique.

ARN : Acide RiboNucléique. Molécule simple brin qui permet la synthèse de protéines à partir de l'information génétique contenue dans l'ADN.